Fue fundado en 1842, luego de que sobre esta zona se creada una penitenciaría. Grandes personajes de la historia pasaron por aquí en busca de diversos motivos. José Celestino Mutis, Francisco José de Caldas y Alexánder Von Humbolt lo hicieron por motivos científicos, relacionados con la botánica y el libertador Simón Bolívar, que lo hizo a través del Camino Nacional, trazado que tocaba esta región y que conectaba al centro con el sur del país. Dicen que pernoctó en Boquía por una noche.
Es denominado el municipio padre del Quindío porque fue el que abrió la senda de lo que es hoy este departamento colombiano con sus 12 localidades, incluida la capital Armenia.